Dans le cadre des nouvelles stratégies de pilotage du lycée, deux conseils pédagogiques ont été créés à titre expérimental dès l’automne 2002 : le Conseil Littéraire et Scientifique des CPGE et le Conseil Pédagogique de l’Enseignement Secondaire.
Reprenant les préconisations du rapport de l'Inspection Générale Etablissements et Vie Scolaire, la loi d'Orientation et de Programme sur l'avenir de l'Ecole (2005), mais surtout le décret du 27 janvier 2010 consacré au pilotage des EPLE, ont codifié le fonctionnement du Conseil pédagogique dont on retiendra la double vocation consistant :
- à favoriser la concertation interne et l’expertise pédagogique ;
- à préparer les discussions de la Commission permanente et les décisions du Conseil d’administration.
Le conseil pédagogique du second degré est constitué par les correspondants disciplinaires élus par les professeurs et désignés par le chef d’établissement. Le conseil pédagogique des CPGE fonctionne davantage comme un conseil de filière avec le concours des professeurs référents désignés dans chaque classe. Il existe enfin un conseil inter-établissements avec le lycée Gabriel Touchard, appelé à mettre en oeuvre une politique concertée des CPGE de Le Mans-Métropole en relation avec l'Université du Maine.